Величезного збитку усипальниці і садибі було завдано в роки громадянської війни. У 1920 р. напівзруйнований будинок М.І. Пирогова був наданий для житла групі комунарів, що приїхали з Америки. Пізніше садиба знаходилась у віданні дослідної сільськогосподарської станції. У 1936 р. тут розміщувалась Вінницька обласна інфекційна лікарня.
Уперше питання про збереження тіла М.І. Пирогова і перетворення його будинку в музей було поставлено на початку 20-х років Вінницьким науковим товариством лікарів. Обговорювали ці питання також учасники І Всеукраїнського з'їзду хірургів у 1926 р., у матеріалах якого було відмічено, що «Пирогов належить усьому Союзу, але на долю України випала велика честь зберігати його останки».
І тільки восени 1928 р. вперше після похорону в усипальниці М.І. Пирогова був проведений невеликий ремонт. У 1939-1940 рр. у зв'язку з наближенням 135-річчя з дня народження Пирогова Наркомооздоров України та українське відділення Пироговського товариства лікарів знову порушили питання про створення у Вишні меморіального комплексу. Основні роботи з відновлення тіла були передбачені на літо 1941 р. Проте їм не судилося здійснитися - перешкодила війна.