Не менші труднощі були і в ході реставрації всього церковного комплексу. Сьогодні в дні знаменних пироговських дат у церкві-некрополі проходять богослужіння, звучать дзвони.
Виконана значна робота, що дозволила поліпшити збереження будинку вченого та його аптеки. Не порушуючи внутрішнього інтер'єру, тут встановлено центральне опалення, обладнано освітлення та водопостачання. Первинні експозиції поповнені багатьма рідкісними матеріалами. Споруджено адміністративну будівлю з кіно-лекційним залом. Відновлені операційна, приймальня та аптека вченого, реставрований внутрішній інтер'єр церкви-некрополя. За проведені роботи з відновлення музею-садиби і використання його для пропаганди досягнень вітчизняної медичної науки група вчених і співробітників музею удостоєна Державної премії України в галузі науки і техніки.
Сьогодні музейний комплекс складається з будинку вченого, будинку-аптеки, церкви-некрополя, де 126 років зберігається набальзамоване, доступне для огляду тіло М.І. Пирогова, садиби, площею 20 гектарів, у якій до цього часу ростуть дерева, посаджені руками талановитого лікаря.